В исторической Школе был создан музей старинных образцов, который играл большую роль в учебном процессе. Начало музейной коллекции положила художник-этнограф, главный попечитель Школы Варвара Петровна Шнейдер, для которой Школа стала делом всей её жизни. Коллекцию предметов народного искусства, которую Варвара Петровна передала в школьный музей, стали пополнять члены семьи Романовых и сама Императрица Александра Фёдоровна, а также учителя и ученицы. После закрытия Школы музейная коллекция была сохранена. В настоящее время большая часть предметов находится в фондах Государственного Русского Музея и Государственного Эрмитажа.
В 1992 году с возрождением Школы стал возрождаться и музей, коллекцию которого пришлось собирать заново. В 1999 году он был зарегистрирован, как музей образовательного учреждения Адмиралтейского района. Музей имеет паспорт и свидетельство. За годы своего существования он прошёл несколько аттестаций. Последняя паспортизация музея прошла в мае 2020 года.
«Музей Истории Школы Народного Искусства Императрицы Александры Фёдоровны» играет по-прежнему важную роль в образовательном и воспитательном процессе Школы и занимается собирательской, исследовательской, экспедиционной, выставочной и экскурсионной деятельностью, имеет историко-этнографическую направленность. За годы своего существования музей получил множество грамот и благодарностей.
Ознакомиться с музеем можно в фотоальбоме: